Le origini delle rune non sono certe. È probabile che derivino da una scrittura appartenente al gruppo delle cinque principali varietà di alfabeto italico, derivato dall'alfabeto etrusco. Questa tesi fa risalire la vera origine delle rune alla colonizzazione greca dell'Italia meridionale, in particolare alla città di Cuma, luogo di incontro tra greci ed etruschi, dove questi ultimi appresero l'alfabeto. Importanti iscrizioni furono scoperte nell'area alpina e prealpina. Scritture simili furono usate per il retico e il venetico. Alcuni studiosi ipotizzano che l'alfabeto runico derivi da quello venetico.
Le uniche iscrizioni runiche note eseguite con certezza in Italia si trovano nel Santuario di San Michele Arcangelo a Monte Sant'Angelo, in provincia di Foggia; e nelle Catacombe dei Santi Marcellino e Pietro a Roma, iscrizioni forse riconducibili ai pellegrinaggi anglosassoni e al periodo normanno in Italia meridionale. Testimonianze di segni runici sono in una fusaiola risalente a un periodo anteriore al VII d.C. rinvenuta a Belmonte, nel Canavese; ma è difficile attribuirne con certezza la produzione a qualche autore longobardo (il materiale potrebbe indicare la Pannonia come luogo di origine, presso cui i Longobardi dimorarono prima della migrazione in Italia; inoltre il segno <h>, che vi si legge chiaramente, era in uso presso i Goti). Un'altra iscrizione runica è su uno dei leoni originari della Grecia, testimonianza della presenza vichinga ad Atene, che successivamente, in età moderna, fu trafugato dai veneziani e attualmente si trova esposto nell'Arsenale di Venezia.
Il sostantivo norreno rún, attestato nelle iscrizioni, indica i singoli segni del fuþark ed è conservato nelle altre lingue germaniche antiche con il significato di "segreto", "mistero"; ancora, nella lingua tedesca, il verbo raunen significa "bisbigliare, sussurrare". Le rune sono una delle più importanti istituzioni culturali e linguistiche comuni alle popolazioni germaniche. Le prime iscrizioni runiche (II e III secolo d.C.) sembrano mostrare una lingua essenzialmente unitaria, quasi senza particolarità dialettali che poi saranno i tratti distintivi delle lingue germaniche, dimostrando che in questo periodo non era ancora avvenuta la seconda rotazione consonantica (zweite Lautverschiebung).
La tradizione scandinava attribuisce a Odino il dominio delle rune, quali sorgenti magiche di ogni potere e sapienza. Il mito della "scoperta" delle rune da parte del dio viene riferito in una strofa del poema eddico Hávamál, dove si legge:
«Lo so io, fui appeso
al tronco sferzato dal vento
per nove intere notti,
ferito di lancia
e consegnato a Odino,
io stesso a me stesso,
su quell'albero
che nessuno sa
dove dalle radici s'innalzi.
Con pane non mi saziarono
né con corni [mi dissetarono].
Guardai in basso,
feci salire le rune,
chiamandole lo feci,
e caddi di là.»
L'auto-sacrificio di Odino, qui descritto, nel quale il dio si sarebbe volontariamente impiccato ad un albero e trafitto con una lancia, rispecchia perfettamente le modalità dei sacrifici umani che venivano tributati al dio nella Scandinavia precristiana. Le vittime venivano infatti impiccate e quindi trafitte a colpi di lancia, come attestato ad esempio nella Saga di Gautrekr. L'Hávamál non specifica la natura dell'albero a cui il dio si sarebbe appeso, ma si ritiene comunemente di poterlo identificare con Yggdrasill, il frassino cosmico della mitologia norrena. Il nome significa "destriero di Yggr", dove Yggr, "terribile", è un epiteto dello stesso Odino. Il termine drasill, "destriero", è a sua volta leggibile nella letteratura scaldica come una kenning (metafora poetica) a indicare la forca alla quale venivano appesi gli impiccati.
Nel rito descritto si riconoscono anche motivi inerenti all'iniziazione sciamanica, derivati probabilmente dal mondo finnico. Si riteneva infatti che gli sciamani acquistassero i loro poteri di mediatori col mondo soprannaturale attraverso vari rituali di morte e rinascita, spesso descritti con tinte non diverse dal racconto dell'Hávamál.
